Vadovaujantis Lietuvos Respublikos naftos produktų ir  naftos valstybės atsargų įstatymo 5 straipsnio 1 dalimi, valstybės įmonė Lietuvos naftos produktų agentūra yra centrinė naftos produktus ir naftos atsargas kaupianti ir tvarkanti organizacija Lietuvos Respublikoje. Pagrindinis įmonės uždavinys – kaupti ir tvarkyti naftos produktų valstybės atsargas.

Valstybės įmonė Lietuvos naftos produktų agentūra valstybės lėšomis kaupia ir tvarko specialiąsias naftos produktų atsargas, kurių įmonė turi kaupti tiek, kad jų pakaktų ne mažiau kaip 30 dienų, skaičiuojant pagal vidutinį dienos vidaus suvartojimą per praėjusius kalendorinius metus. Likusią atsargų dalį kaupia įpareigotosios įmonės.

Iki 2008 m. gruodžio mėn. buvo kaupiama 45 dienoms, o nuo 2009 m. sausio 1 d. - 30 dienų reikalingas atsargų kiekis. Atsargos kaupiamos ir tvarkomos valstybės biudžeto asignavimais, numatytais atskirai programai – Valstybės naftos produktų atsargų kaupimas ir tvarkymas.

Agentūra užtikrina laikomų naftos produktų kokybės atitikimą privalomųjų naftos produktų kokybės rodiklių, reikalavimus.

Vadovaujantis Lietuvos Respublikos naftos produktų ir naftos valstybės atsargų įstatymu, Agentūros veikla taip pat apima atsargų kaupimo ir tvarkymo paslaugų teikimą kitiems ūkio subjektams (naftos produktų valstybės atsargų kaupimas ir tvarkymas už įpareigotąsias įmones), įskaitant kitų ES valstybių narių įpareigotąsias įmones bei centrines saugyklas. 

Vadovaujantis Lietuvos Respublikos strateginę reikšmę nacionaliniam saugumui turinčių įmonių ir įrenginių bei kitų nacionaliniam saugumui užtikrinti svarbių įmonių įstatymu, valstybės įmonė Lietuvos naftos produktų agentūra įtraukta į strateginę reikšmę nacionaliniam saugumui turinčių valstybės įmonių sąrašą.